Après avoir achevé son périple sur l'île du temps (Prince of Persia 2), prince de perce rentre a Babylone avec l'impératrice Kaileena pour reprendre son trône, mais le problème, c'est que la ville est infestée par des hordes d'ennemis. Les ennemis repère immédiatement le prince et Kaileena ,et tirent avec des catapultes sur leur bateau! Kaileena se fait ensuite capturer par leur chef, le vizir, et le prince part a sa recherche! Après avoir longtemps cherché, il l'a trouve, mais n'a plus les mêmes instincts qu'auparavant: ils foncé dans le tas ! Il se fait aussitôt capturer par les hommes du vizir et assiste a la mort de Kaileena! Le vizir ayant tué l'impératrice, obtient d'immenses pouvoir grâce aux sables( dans ce jeu, toutes les personnes sont constitué de sable) et le prince se fait contaminer, ce qui libère son double maléfique, de l'ombre! A partir de ce moment, le prince jure de tuer le vizir, mais ils se transforme de plus en plus souvent en Prince de l'ombre! Arrivera t'il a temps a tuer le vizir avant d'être totalement contaminé?